일요주간 - [특별기고] 관세청, ′수정수입세금계산서 발급 지침′의 시행 의미

▲ 김혜정 관세사 (관세법인 한강글로벌 경기)

◇ 2013년 부가세법 개정: 관세심사에서의 실질적 페널티는 '부가세'

부가가치세법은 2013년 개정을 통해 관세심사 결과로 납부한 세액에 대한 수정수입세금계산서 발급에 제한을 두었습니다. 이로 인해 지난 10여 년간 관세심사 대상 기업들은 추징세액 중 부가세 부분을 매입세액 공제받지 못하는 경우가 발생하며, 납부 세액 중, 사실상 가장 큰 페널티는 부가세 부담으로 작용해왔습니다.

이는 특히 대부분의 수입품이 FTA 특혜세율 적용으로 인해 관세가 0%로 납부되고 있는 현실에서, 심사 결과에 따른 추가 납세 중 실질적인 금액은 거의 전부가 부가가치세였다는 점에서 더욱 문제였습니다.

◇ 2024년 부가세법 재개정과 2026년 실무지침 도입

2024년 부가가치세법 재개정으로 이러한 문제에 많은 부분 개선의 여지가 생겼으나, 여전히 하위 규정의 해석에 따라 일선 세관 및 담당자마다 수정세금계산서 발급 여부 판단이 달라 납세자에게 많은 혼란을 야기해 왔습니다.

이에 따라 관세청은 2026년부터 수정수입세금계산서의 발급 및 미발급 사유를 구체화한 지침을 마련·시행하게 된 것입니다. 이번 지침은 기존 부정행위로 인한 과소신고 등에 대해 수정수입세금계산서를 미발급함은 물론, 기존 법령상 "중대한 잘못"의 범주를 명확히 하면서, 다음과 같은 경우를 구체적으로 명시하였습니다.

· 특수관계거래에 대한 과세자료 미제출 또는 허위 제출
· 관세조사 결과 통지에도 같은 오류를 반복한 경우
· 보정신청을 하도록 통지하였으나 보정,수정을 하지 않은 경우
· 가격신고 시 제출한 자료의 내용이 객관적 사실과 명백히 다른 경우

이러한 기준은 부정행위 방지뿐만 아니라, 성실하게 자료를 제출한 기업에게는 정당한 매입세액 공제 기회를 보장하는 방향으로 작용할 수 있습니다.

◇ 수입신고 단계부터 ‘과세자료 제출에 대한 성실성’이 관건

이번 지침은 2025년 9월 1일부터 시행된 과세가격 신고자료 일괄제출 제도와도 깊이 연결됩니다. 즉, 관세청은 수입신고 단계부터 정확한 과세자료 제출을 통해 사후 조정 리스크를 줄이고자 하며, 신고 당시 제출한 자료가 불성실하거나 사실과 다른 경우, 추후에 발생한 부가세 추가 납부에 대해 수정세금계산서 발급을 거부할 수 있음을 명확히 한 것입니다. 이는 특히 외국계 기업과 같이 특수관계자와의 거래 비중이 높은 수입자에게 중요한 시사점을 던지고 있습니다.

과세가격 결정자료의 준비가 간단치 않고, 준비에 많은 시간이 소요되는 이러한 기업들은 수입신고 단계부터 전문가의 도움을 받아 자료를 정확히 준비해야 할 것이며, 과거 관세 심사에서 과세가격 이슈로 지적 받은 전례가 있다면 ACVA(특수관계자 과세가격 사전심사제도) 등을 통해 선제적 리스크 관리를 하는 것이 바람직하다고 할 수 있습니다.

◇ 납세자 권익 보호와 제도 안정성 강화의 계기

이번 지침은 단순한 제도 정비를 넘어, 납세자의 권리 보호 절차까지 함께 담고 있습니다. 납세자가 수정수입세금계산서 미발급 처분에 대해 직접 의견을 제시하거나 이의를 제기할 수 있는 절차적 장치를 마련했다는 점은, 향후 제도의 신뢰성과 법적 안정성을 높이는 데 의미 있는 진전이라 할 수 있습니다.

이러한 변화는, 이번 지침 시행을 계기로 수입자가 사후적인 대응에만 의존할 것이 아니라, 수입신고 단계부터 과세가격 관련 자료를 얼마나 정확하고 성실하게 제출했는지가 그 어느 때보다 중요해졌음을 시사합니다.

즉, 신고 단계에서의 자료 충실성과 과세당국과의 협력 여부가 향후 관세심사 결과뿐만 아니라, 부가가치세 부담의 실질적 귀결에도 직접적인 영향을 미치는 환경으로 제도가 변화하고 있음을 인식할 필요가 있습니다.

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